Hoppa till innehållet

Mängd SARS-CoV-2 virus i avloppsvatten från svenska städer

Vi presenterar epidemiologiska data av mätningar av SARS-CoV-2 virus i avloppsvatten från olika svenska städer med totalt över 1.5 miljoner invånare. Att mäta virusmängder i avloppsvatten kan var en del av ett system för att detektera och övervaka förekomsten av SARS-CoV-2 i samhället. Notera att direkt jämförelse av virusmängden mellan olika städer inte är möjlig pga olika hantering av insamlade avloppsprov och analys av data. Jämförelser bör endast göras inom data som samlats in och visualiseras från en och samma stad. För mer information om epidemiologiska data från mätningar av SARS-CoV-2 i avloppsvatten se nedan.

Karta över platser där prover samlas in

Uppsala, Umeå, Örebro, Kalmar, och andra orter

Projektet leds av prof. Anna J. Székely (SLU, Sveriges Lantbruksuniversitet) och prof. Maja Malmberg (SLU, Sveriges Lantbruksuniversitet) i samarbete med Uppsala Vatten, Roslagsvatten, Enköpings kommun, Gästrike Vatten, TEMAB m.m.

Mängden SARS-CoV-2 virus i Uppsala stads avloppsvatten bestäms genom analys av avloppsvatten insamlat vid Kungsängsverket som är Uppsala Vattens största avloppsreningsverk. Avloppsvattnet från avloppsreningsverket samlas in från de två största upptagningsområdena för Uppsalas avloppsvatten med ca. 180.000 invånare. För kartor som visar respektive upptagningsområde för avloppsvattnet i Uppsala. Mängden SARS-CoV-2 virus i Ekerös avloppsvatten bestäms genom analys av avloppsvatten insamlat vid Ekebyhov, i Österåkers avloppsvatten bestäms genom analys av avloppsvatten insamlat vid Margretelund, i Vaxholms avloppsvatten bestäms genom analys av avloppsvatten insamlat vid Blynäs. Se den här kartan för det exakta avrinningsområdet för insamlingskanalerna i Umeå. Se den här kartan för det exakta avrinningsområdet för insamlingskanalerna i Örebro.

Mängd SARS-CoV-2 virus i avloppsvatten ett specifik datum har normaliserats jämfört med mängden mänsklig avföring för att undvika variation pga vattenflöde och populationsstorlek. Proverna bearbetas enligt standardmetoder. I korthet koncentreras och extraheras det virala genomiska materialet med hjälp av en metod som använder Maxwell RSC ENviro TNA kit ( Promega) och antal genkopior av SARS-C-V-2 kvantifieras med hjälp av RT-qPCR med CDC RUO nCOV N1 assay (IDT DNA) metoden. För att studera metodens effektivitet och detektera eventuell närvaro av potentiella virushämmare tillsätts bovint koronavirus (BCoV) ett sk. process-surrogatvirus. För att korrigera för variation i populationen kvantifierar vi också pepper mild mottle virus (PMMoV), som är det vanligaste RNA-viruset i mänsklig avföring (Symonds et al, 2019).

Notera att resultaten i dataseten och som visas i diagrammen är preliminära data. Forskargruppen genomför fortfarande kontroller av metodens effektivitet vilket kan förändra de slutliga resultaten något.

Ladda ner data: Relativt ratio av viruskopior SARS CoV-2 jämfört med mängd PPMoV, CSV-fil. Data finns tillgängligt från och med vecka 38 2020; uppdateras varje vecka.
Kontakt: anna.szekely@slu.se and maja.malmberg@slu.se
Referera till detta dataset: Székely, A. & Mohamed, N. Dataset of SARS-CoV-2 wastewater data from Uppsala, and neighbouring towns Knivsta, Enköping, Östhammar and Älvkarleby, Sweden. https://doi.org/10.17044/scilifelab.14256317.v1 (2021).

Senast uppdaterad:
För att interagera med visualiseringen, klicka på kommunens namn att markera eller avmarkera kommuner av intresse som visas. Placera muspekaren på grafen och zooma in på den tidsperiod som är av intresse. Vänligen notera att axlarnas intervall anpassas efter de kriterier som läggs in. Dubbelklickar på grafen för att komma tillbaka till startläget. Det är även möjligt att ladda ner grafen i PNG format, zooma och köra återställning med hjälp av de knappar som visas i övre högra hörnet när du håller muspekaren över grafen.

Observera att grafen nedan visar samma data, men y-axeln visas som en logskala

Stockholm

Detta projekt, lett av prof. Zeynep Cetecioglu Gurol och kollegor (KTH) är ett samarbete mellan SciLifeLab COVID-19 National Research Program och avdelningarna SEED och Chemical Engineering vid KTH, i nära samarbete med Stockholm Vatten och Avfall och Käppala Association. Provtagningen av avloppsvatten började i mitten av april 2020 från Bromma, Henriksdal och Käppala reningsverk. Dessa reningsverk får avloppsvatten från en befolkning på cirka 360 000; 860 000 respektive 500 000. Se den här kartan för det exakta avrinningsområdet för insamlingskanalerna i Käppala och den här kartan för det exakta avrinningsområdet för insamlingskanalerna i Bromma och Henriksdal.

Efter koncentrering, filtrering och beredning analyseras proverna med RT-qPCR-teknik för SARS CoV-2 RNA. Primers mot nukleokapsidgenen (N) användes för att detektera SARS-COV-2-genen (tidigare använt och verifierat av Medema et al (2020). I vissa fall har det råa avloppsvattnet frusits ​​vid –20 °C och koncentrerat avloppsvatten eller renat RNA har lagrats vid -80°C innan nästa analyssteg genomfördes. Den metod för att koncentrera prov som prof. Zeynep Cetecioglu Gurol och hennes grupp har använt från projektets början tom vecka 35 2021 baserades på en av forskargruppens egna artiklar (Jafferali et al, 2021), i artikeln jämfördes gruppens egen metod med fyra andra metoder för att koncentrera prover. Från vecka 35 2021 användes istället Promegas kit för att koncentrera proverna.

Se även forskargruppens webbsida där sammanfattningar av data och preliminära slutsatser presenteras.

Ladda ner data: Relative antal gener normaliserade för PPMoV; Excelfil. Data tillgänglig (delvis) från och med vecka 16 2020; uppdateras varje vecka.
Kontakt: zeynepcg@kth.se
Referera till detta dataset: Cetecioglu Z G, Williams, C, Khatami, K, Atasoy, M, Nandy, P, Jafferali, M H, Birgersson, M. SARS-CoV-2 Wastewater Data from Stockholm, Sweden. https://doi.org/10.17044/scilifelab.14315483 (2021).

Senast uppdaterad:

Observera att grafen nedan visar samma data, men y-axeln visas som en logskala

Publikationer:
Benchmarking virus concentration methods for quantification of SARS-CoV-2 in raw wastewater.
Jafferali MH, Khatami K, Atasoy M, Birgersson M, Williams C, Cetecioglu Z.
Science of The Total Environment 755. DOI: 10.1016/j.scitotenv.2020.142939

Arkiverade data

Bakgrund

Epidemiologiska undersökningar av avloppsvatten kan användas för att studera SARS-CoV-2-virus i avföringsprover från COVID-19-patienter med RT-qPCR (se till exempel Wu et al, 2020). Övervakning av virusnivåerna av SARS CoV-2 i avloppsvatten från samhällen kan därför ge en tidig indikation på sjukdomsprevalensen på befolkningsnivå, kallad avloppsvattenbaserad epidemiologi (Corpuz et al, 2020).

Avloppsvattenbaserad epidemiologi studerar mängden virusgenom i avloppsvattnet, med RT-qPCR. Avloppsvatten av består spillvatten, dagvatten och kylvatten. Dagvatten kommr från hushåll och fastigheter exempelvis kök, toaletter och duschar. Det kan dock också inkludera vatten från exempel regnvatten och vatten från industriellt bruk). Prover tas regelbundet vid avloppsreningsanläggningar, vilket gör det möjligt att jämföra virusbelastningen över tid. Det har tidigare visats att mängden SARS CoV-2-virus i avloppsvatten kan ge en indikation på ökad smittspridning i befolkningen och även att trenden SARS-CoV-2 i avloppsvatten korrelerar med antal fall av COVID-19 och antal patienter som behöver vård (se Peccia et al, 2020). Under COVID-19-pandemin har övervakning av nivån SARS CoV-2 i avloppsvatten blivit en vanligare metod att övervaka och förutsäga smittspridning.

Observera att graferna som presenteras inom sektionen baseras på preliminära och ännu inte fullständigt utvärderade data. Data som delas ska därför användas med försiktighet. Observera att eftersom olika metoder för insamling av avloppsprover och dataanalys används av olika forskningsprojekten som redovisas nedan(dvs för olika städer) är det inte möjligt jämföra virusmängen mellan projekten (dvs mellan städer). Jämförelser bör göras inom varje projekt (dvs. stad) eftersom metoden är densamma för alla mätningar. Mätningar av SARS CoV-2 i avloppsvatten bör främst ses en indikation på ökande smittspridning, tillsammans med andra datatyper som exempelvis antal positiva SARS CoV-2 test, antal patienter som behöver intensivvård etc och bidra till kunskap om den regionala dynamiken i COVID-19-pandemi.