Hoppa till innehållet

Riktlinjer för genomik & transkriptomik data

Riktlinjer för Covid-19-data

Gör dina Covid-19-forskningsdata användbara och tillgängliga för resten av forskarvärlden genom att publicera data och tillhörande metadata i en öppen databas.

SciLifeLab och NBIS kan hjälpa dig med att i början av projektet planera datahanteringen för att effektivisera datadelning, både genom konsultationer och genom att tillhandahålla ett verktyg för att skapa datahanteringsplaner. Vi kan också hjälpa dig att identifiera relevanta repositorier och etablerade internationella standarder för att beskriva och publicera dina data, samt vägleda dig genom publiceringsprocessen.

Repositorier

Vi föreslår att rådata samt assemblerad och annoterad genomdata skickas in till ENA. Se dokumentation om publiceringsprocessen SARS-CoV-2 submission. Innan sekvensdata (t.ex. ‘shot gun’-sekvenser) skickas in är det nödvändigt att ta bort humana (kontaminerande) sekvenser.

Sekvensdata för värd (human) kräver kontrollerad åtkomst, och NBIS utvecklar för närvarande en lokal version av European Genome-phenome Archive (EGA) i Sverige (EGA-SE), vilket möjliggör publicering av känsliga personuppgifter inom en juridisk ram. Tills dess att EGA-SE är tillgänglig, bör datamaterialet förbli i den säkra analysmiljön (t.ex. på Bianca på Uppmax). Vi föreslår att man i SciLifeLab Data Repository skapar ett metadatainlägg med kontaktinformation om hur man får åtkomst, och för vilken en DOI (dvs. en beständig identifierare) kan bli utfärdad. DOI:n kan sedan användas i artikeln för att hänvisa till datamaterialet. När svenska EGA är i drift, och datamaterialet skickats in där, kan åtkomstinformationen ändras till att hänvisa dit istället. Se till exempel https://doi.org/10.17044/NBIS/G000014.

Metadata

Metadata innebär ‘data om data’ och kan innehålla information om metod som används för att samla in data, analytisk och procedurell information, definitioner av variabler, mätenheter, eventuella antaganden, format och filtyp för datamaterialet och programvara som används för att samla in och / eller bearbeta data. Forskare rekommenderas starkt att använda etablerade metadatastandarder där dessa finns.

MINSEQE (Minimal Information about a high throughput SEQuencing Experiment) är den föredragna minimala metadatastandarden för transkriptomikdata. För virusdata kan du överväga att använda ENA virus pathogen reporting standard checklist.

Det rekommenderas starkt att redan från början av projektet strukturera t.ex. metadata på ett sätt som möjliggör publicering av sekvensdata utan att behöva strukturera om metadata.